Μεταξύ 1701, και 1744, έλαβαν χώρα έξι σημαντικά επιδημικά κύματα πανώλης: 1705, 1708-9[33], 1712-14, 1716-19, 1728-30[34], 1740-44. Το χαγιάτι του ναού των προφητών Ηλία και Ελισσαίου μετατράπηκε σε παρεκκλήσι του Αγίου Χαραλάμπους σίγουρα κατά τη διάρκεια ή αμέσως μετά από ένα από αυτά τα κύματα, με πιθανότερο βέβαια το τελευταίο. Όταν δηλαδή έλαβε χώρα γενική ανακαίνιση του ναού.

«Αν περιστάσεως τυχούσης, πόλις τις ή χωρίον είναι ύποπτα λοιμού, συγχρόνως μετά την περιστοίχησιν των υπό υγειονομικής γραμμής, ανάγκη πάσα να ληφθώσιν ευθέως τα εξής μέτρα: Υποχρεούνται οι κάτοικοι να μένουν εις τα ίδια, εμποδίζεται πάσα θρησκευτική τελετή. Δεν σημαίνονται οι κώδωνες».

Ελάχιστες περιοχές της Ευρώπης έμειναν άθικτες από την πανδημία της πανώλης. Στη Γαλλία η περιοχή της Ακουιτανίας έμεινε σχεδόν ανέπαφη ενώ περιοχές της Μοραβίας και της Πολωνίας γλίτωσαν κυρίως λόγω της μη ύπαρξης μεγάλων και πυκνοκατοικημένων πόλεων στα πρότυπα της δυτικής Ευρώπης. Πάντως η αρρώστια δεν εξαφανίζεται εντελώς αφού όπως δείχνουν τα δυτικά χρονικά ακολούθησαν νέα κρούσματα. 1347-1352, 1360-1363, 1374-1375, 1382-1383, 1389-1390, 1400, 1412-1420, 1426-1427, 1438-1439, 1450-1452, 1464, 1472 με τελευταία μεγάλη έξαρση στα 1494.