Όμως, μετά την φυγή του αρχηγού των δημοκρατικών Γεωργίου Αυλιώτη, το κόμμα του Ρούσα ενισχύθηκε αρκετά, ώστε, όταν ο Αλή πασάς ανακηρύχθηκε ηγεμόνας της Ρούμελης, ο Ρούσας έφερε την πόλη άνω κάτω κατά το δοκούν.

Ήταν αληθινά δύσκολο να συγχωνευθεί σε μιαν αρμονική ενότητα η ελεύθερη κίνηση της ελληνικής σκέψης, που πηγάζει από τον ανθρώπινο λόγο, με την υποταγμένη στην αποκάλυψη, την πέραν του λόγου, χριστιανική σκέψη, που οι Έλληνες θεωρούσαν βαρβαρική αντίληψη.

Η κίνηση για την αφομοίωση και τον εκβυζαντινισμό των «σκλαβινιών», δηλαδή των περιοχών που είχαν εγκατασταθεί οι Σλάβοι, αρχίζει αρκετά ενωρίς και εμφανίζεται ως αποτέλεσμα συνειδητής πολιτικής των βυζαντινών Αυτοκρατόρων ήδη από το τέλος του 7ου και τις αρχές του 8ου αιώνα.