Τελικά, όμως, το 1924 έγινε η ανταλλαγή πληθυσμών με θρησκευτικά κριτήρια και ο παπα-Εφτίμ έμεινε χωρίς πιστούς. Ενώ τα αδέλφια του έφυγαν στην Ελλάδα, ο παπα-Εφτίμ με τη βοήθεια της τουρκικής κυβέρνησης δεν κρίθηκε ανταλλάξιμος και κρατήθηκε στην Κωνσταντινούπολη για να δημιουργήσει εμπόδια στο Οικουμενικό Πατριαρχείο και τους Έλληνες της Πόλης που δεν μετακινήθηκαν στον ελλαδικό χώρο. Παρόλο που οι Καραμανλήδες της Πόλης δεν τον ακολούθησαν, ο ίδιος με τη στήριξη των κεμαλιστών κατέλαβε και 2 άλλες ορθόδοξες εκκλησίες, τον Άι-Γιάννη των Χίων και τον Άγιο Νικόλαο.